Alcătuită în anul 1994, colecția de ihtiologie (preparate umede) cuprinde 235 de specii pești caracteristice faunei Deltei Dunării, Mării Negre și zonelor de pescuit comercial, concesionate de România înainte de 1989, în oceanele Atlantic și Indian.
Cele mai multe piese ihtiologice au fost colectate în perioada 1979-1988 și au fost donate muzeului de către fosta Întreprindere de Pescuit Oceanic Tulcea, în anul 1995.
Colecția de pești din Marea Neagră a fost achiziționată în anul 2000, de la Institutul Național de Cercetări Marine „Gr. Antipa” Constanța.
