Colecția de ornitologie include 1.743 piese și este alcătuită din:
- subcolecția de piese naturalizate, formată din 611 piese colectate în perioada 1959 – 2004, de pe teritoriul României (în special din Rezervația Biosferei Delta Dunării și Dobrogea);
- subcolecția de balguri, formată din 780 piese, reprezentând specii de pe teritoriul Rezervației Biosferei Delta Dunării și Dobrogea, în perioada 1947-1995;
- subcolecția de ponte de ouă, formată din 291 de ponte provenite din avifauna României (Delta Dunării, Dobrogea) și din fauna ornitologică a continentelor Africa și Australia.
