Colecția de malacologie cuprinde gasteropode și bivalve, colectate de către specialiștii muzeului sau obținute din donații sau prin achiziții. Din cele 14.475 de piese ale colecției, 2.183 exemplare aparțin unor specii caracteristice faunei oceanice (Atlantic, Pacific, Indian), faunei marine (Marea Mediterană, Marea Roșie) sau faunei continentale (Europa, Asia, Africa, America), restul reprezentând exemplare de specii autohtone. Cele mai vechi exemplare colectate datează din anul 1935.
Cele mai importante exemplare achiziționate aparțin subcolecțiilor ”Al.V.Grossu” și „Dr. A.Popescu-Gorj”, reprezentând fie specii rare și/sau endemic, fie paratipi.
