Colectia de malacologie cuprinde un numar de 14.528 piese (gasteropode si bivalve) din care 2.183 exemplare exotice (specii caracteristice faunei din oceanele Atlantic, Pacific, Indian, Marea Mediterana, Marea Rosie si faunei continentale din Europa, Asia, Africa, America de Nord si de Sud) si 12.345 exemplare autohtone, de pe intreg teritoriul Romaniei, cele mai vechi exemplare colectate datand din anul 1935. Piesele fie au fost colectate de catre specialistii muzeului, fie au fost obtinute din achizitii sau donatii.
          Cele mai importante exemplare achizitionate apartin „Colectiei Al.V.Grossu” si „Colectiei dr. A.Popescu-Gorj”. Aceste colectii cuprind numeroase specii rare, endemisme, precum si exemplare paratip.